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原标题:交互作用式编程的引进,转录组学习之境况布置

浏览次数:53 时间:2019-11-10

汇总系列:

转录组软件安装

一、软件安装对于新手来说绝对是一个大坑,各种报错,幸好已经有很多牛人给探好路了,按照他们的方法基本可以排除各种问题。

http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=856#lastpost

二、自动化安装软件conda:

(1)在官网找到安装包:在linux下执行如下代码:

  1. wget

  2. # curl:

#正常情况下会自动添加到环境变量里的,如果错过,可以如3,4手动添加。

  1. vi ~/.bashrc

  2. export PATH="/home/bigbear/anaconda3/bin:$PATH"

  3. source ~/.bashrc

(2)Conda安装好以后,利用conda list查看已经安装软件;一些生物信息软件并不在conda的安装频道里,比如:conda install bwa无法安装bwa这个软件,这时我们需要配置一下频道:

  1. conda config --add channels conda-forge

  2. conda config --add channels defaults

  3. conda config --add channels r

  4. conda config --add channels bioconda

查看已经添加的channels:

conda config --get channels

conda update软件名可以对软件进行升级:eg.conda update bwa

conda remove卸载已经安装的软件

安装软件,如下:

conda install -c bioconda samtools=1.5

conda install -c bioconda htseq=0.7.2

conda install -c bioconda hisat2=2.1.0

conda install -c bioconda fastqc=0.11.5

conda install-c jfear sratoolkit=2.8.1

#等号后面是软件版本,可以不添加,conda自动识别最新版本安装。

参考链接:1:

Jupyter美化:

win版本的安装太简单就不说了,一步步就OK了,这段时间开发环境都是linux,所以也顺手装下,再发个文记录下,服务大众吧

先说点Net程序员感兴趣的,很多人羡慕Python的交互式编程(好处就不用说了,不知道可以搜索下),其实借助Jupyter C#也是可以做到的,先贴张图:

图片 1

感兴趣的可以自己摸索下,以后有机会咱们再聊聊集成环境系列:


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